栽培型向日葵叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

摘要

以栽培型向日葵‘龙赏葵1号’为供试材料，筛选出51条叶绿体基因组CDS，进行密码子使用特征分析。利用Codon W 1.4.2、SPSS和在线软件CUSP，进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析，并筛选最优密码子。结果显示‘：龙赏葵1号’向日葵叶绿体基因组密码子各位置GC含量为GC1（47.14%）＞GC2（39.44%）＞GC3（28.42%），密码子末位碱基以A/T为主；ENC取值范围为39.13～59.17,ENC＞45的基因共有38个，密码子使用偏好性较弱；RSCU＞1的密码子有30个，其余29个以A/U结尾，偏好性明显；相关分析发现，其密码子使用偏好主要受自然选择影响；高频和高表达相结合的方法确认12个密码子为最优密码子，分别为CUU、AUA、CCA、ACU、GCU、UAU、UAG、CAU、AAA、GAU、AGU、GGA。