椰子开花相关miR156和靶基因SPL特征分析

摘要

为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式，对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测，找出开花途径靶基因，并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证。序列比对发现不同的前体序列可产生相同序列的成熟miR156；进化树结果表明，CnumiR156-1和CnumiR156-3的亲缘关系较近，CnumiR156-2和CnumiR156-5的亲缘关系较近，CnumiR156-4和CnumiR156-9的亲缘关系较近；靶基因预测结果表明，CnmiR156-3/-6的靶基因主要是SQUAMOS启动子结合蛋白家族；转录组数据结果分析得到，CnumiR156-3、CnumiR156-6、CnumiR156-9在‘本地高种’和‘黄矮’苗期的表达量要高于在其对应成熟期的表达，开花途径靶基因CnSPL （CCG024262.1）和CnSPL （CCG019030.1）在‘本地高种’和‘黄矮’成熟期的表达量要高于在其对应苗期的表达；CCG024262.1和CCG019030.1的定量结果与转录组结果基本相符。本研究通过生信分析与实验验证对CnumiR156和开花途径靶基因CnSPL的序列特征与表达模式进行分析，给CnumiR156和靶基因CnSPL的功能研究提供理论基础，为椰子的生物育种提供一个新的思路。