红葱花期全长转录组分析

摘要

红葱（Eleutherine bulbosa）在化学成分和药理活性开发方面具有重要价值，但是分子生物学研究较少。本研究以红葱花期全株为研究对象，利用PacBio SequelTM测序平台进行红葱根、鳞茎、叶片以及花等组织部位混合样品的全长转录组测序。测序数据经过校正后，得到高质量Isoforms序列182 873条，利用Nr、Swiss Prot、KOG和KEGG四个数据库进行比对获得106 318条全长转录本，分别有105 734 （Nr）、90 207（Swissport）、77 965 （KOG）和52 047 （KEGG）条转录本获得功能注释。其中KEGG数据库分析结果共获得了132条代谢途径，主要有次生代谢产物合成、抗菌素合成、糖和淀粉代谢等。高级注释共获得105 976个CDS，共预测到3 257个转录因子。结构分析共鉴定到39 666个SSRs，对没有注释到四大数据库的全长转录序列进行lncRNA分析，共预测到6 394个lncRNA。本研究为红葱二代转录组测序数据拼接提供参考模板，为红葱全长基因克隆、基因功能分析和活性成分合成机制解析等提供理论基础。