甘蓝型油菜BnAPX1基因的克隆与生物信息学分析

摘要

抗坏血酸过氧化物酶（APX）是一种利用抗坏血酸作为电子供体的H2O2清除剂，在植物抵御逆境胁迫中起到重要作用。为进一步探究甘蓝型油菜APX1基因的功能，本研究通过RT-PCR法从甘蓝型油菜中克隆得到一条长度为753 bp的APX1 CDS序列，将其命名为BnAPX1。生物信息学分析表明，BnAPX1基因共编码250个氨基酸，相对分子量为27.546 14 kD，等电点为5.49，不稳定系数为36.73，属于稳定性蛋白；该蛋白的二级结构中无规则卷曲为42.00%,α-螺旋为39.20%，延伸链为10.40%,β-转角为8.40%；亚细胞定位预测结果显示该基因编码的蛋白位于过氧化物酶体中，其编码的蛋白没有跨膜结构，没有信号肽，属于非分泌蛋白。BnAPX1蛋白含有K+binding site、Substrate binding site、Heme binding site结合位点，属于植物过氧化物酶类似家族。