2012-2013年湖北省麻疹病毒流行株核蛋白N基因和血凝素蛋白H基因特征分析

摘要

目的 分析近年湖北省麻疹病毒流行株基因型别以及血凝素蛋白（H）基因特性。方法 对2012-2013年麻疹病毒核酸检测阳性的患者标本,直接提取核酸,采用one-step逆转录—聚合酶链反应方法扩增核蛋白（N）和血凝素蛋白（H）基因,测序后进行同源性和进化分析。结果 湖北省麻疹病毒流行株主要为H1基因型的H1a亚型,发现一株D8基因亚型。与中国麻疹疫苗株上海191株的N和H基因比较,其核苷酸同源性分别为91.6%-92.4%和94.6%-94.8%。对湖北省H1a亚型麻疹病毒H基因进化分析发现均属lineage3b,H蛋白序列分析发现第240和第397位氨基酸分别发生Ser→Asn、Pro→Leu的变异。运用贝叶斯中的马尔科夫链的蒙特卡洛方法,估计H1a基因亚型H基因核苷酸的平均碱基替代率为7.619×10-4取代/位点/年,估算其共同祖先大约出现在1980年。结论 湖北省2012-2013年麻疹病毒流行株主要H1a基因型,仅1例D8亚型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异,需进一步加强对麻疹病毒基因型别和变异程度的监测。