RNA-seq技术开发刺五加目的基因SSR标记

摘要

刺五加是中国珍贵的药食两用植物,果实和根部富含多种生物活性成分。本研究基于刺五加果实、根、茎和叶的转录组测序数据,利用Trinity软件共组装86315条Unigene。利用MISA软件在所有Unigene中共检测到12096个SSR位点,分布于10333条Unigene中。优势重复基序为单核苷酸,占总SSR位点数的40.37%;其次为二核苷酸,占总SSR位点数的35.79%;三核苷酸占总SSR位点数的21.11%。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(17.96%),三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.83%)。根据Unigene注释,挖掘到与刺五加品质(皂苷,SOD,维生素,糖,酸,脂肪酸等)相关功能基因序列,利用Primer3.0软件设计了107对目的基因SSR引物,以刺五加叶片的基因组DNA为模板对这些引物进行有效性验证,其中56对引物能扩增出清晰条带。开发的目的基因SSR标记为刺五加种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。