基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

摘要

旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础.本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记.利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果.结果 ,从36693条转录组Unigene序列中搜索到10488个SSRs位点,纯合型SSR为9424个,复合型SSR为1064个,分布于6953条Unigene序列,其中4727条Unigene含有单个SSR,2226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95％,出现频率为28.58％.优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5～22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10～20 bp.随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52％,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23％.利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2～7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.4871,平均PIC为0.6467,呈高度多态,总体表现出较高的多样性.本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析.