利用EST及生物信息学方法挖掘马铃薯中miRNA及其靶基因

摘要

microRNA(miRNA)是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA.大量研究表明,miRNA在调节生物功能方面起着重要的作用.目前发现miRNA的主要方法有直接克隆法和基于生物信息学的基因搜索和同源搜索.由于真核生物组织中有些miRNA的丰度较低,而且其表达具有组织和时序特异性,采用直接克隆法发现新的miRNA有时较为困难.采用生物信息学方法寻找未知miRNA是当前发现和鉴定miRNA的重要策略之一.本研究联合了几种生物信息学方法预测了马铃薯(Solanum tuberosum)中miRNA及其靶基因.通过把拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与马铃薯EST数据库进行比对搜索,筛选出候选的miRNA.之后,设置一系列严格的筛选标准,分析候选miRNA序列特征,包括碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等.最后,从上述候选库中筛选出了22个miRNA.进一步利用新鉴定的miRNA序列,预测到43个靶基因.分析结果表明,上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类,它们调控着植物的生长发育,信号转导及各种胁迫反应.