2016年杭州地区肠道病毒71型VP1基因序列测定及进化分析

摘要

目的通过测定和分析肠道病毒71型毒株VP1区序列,掌握了EV71的流行情况及种系进化关系,为手足口病毒所致疾病的预防和治疗提供支持和依据。方法利用RT-PCR的方法扩增EV71病毒VP1区核苷酸序列,测序后利用DNASTAR和Primer Premier 5.0进行序列比对分析,并用Mega 3.1软件建立检测样本VP1区序列与Gen Bank上EV71基因型参考毒株基因序列的系统发育树。结果随机选取的21株EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.6%~100%和99.2%~100%;通过系统进化树分析显示,21株EV71均属于C4a基因亚型。结论 2016年杭州地区EV71毒株的基因亚型与当前国内外某些地区的分型结果一致,故它们有望成为疫苗候选株并作进一步研究。