急性呼吸窘迫综合征患者中性粒细胞基因表达谱的生物信息学分析

摘要

目的以生物信息学分析方法分析急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中性粒细胞基因表达谱,以期找到新的治疗靶点。方法从基因表达芯片(GEO)数据库获得以ARDS患者和健康志愿者为试验对象的基因表达芯片,对高通量芯片数据进行提取,通过GEO2R、OmicsBean、STRING、Cytoscape等网站或软件筛选差异表达基因,并进一步在DAVID网站中进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果GEO2R网站筛选得到86个差异基因,STRING网站纳入其中81个基因进行蛋白互作分析,其结果经Cytoscape软件进一步分析得到11个枢纽基因:AHSP、ALAS2、CD177、CLEC4D、EPB42、GPR84、HBD、HVCN1、KLF1、SLC4A1和STOM。GO分析示差异基因多富集于细胞部位尤其是细胞膜的完整性上,KEGG分析示以细胞因子受体通路为主的多条通路参与ARDS发病。结论多种因素参与了ARDS的发病。本研究共筛选到可能参与ARDS发病的11个枢纽基因,可用于后续研究。