马缨杜鹃MYB转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析

摘要

MYB基因是一类大的转录因子家族,广泛参与植物的各种生命活动,但是杜鹃中关于此类转录因子的研究甚少,为杜鹃的分子育种提供基因资源,本研究在全基因组范围对马缨杜鹃MYB基因进行鉴定与分析。以马缨杜鹃基因组数据为基础,通过本地blast和HMMER search,全面鉴定MYB转录因子,通过MEME、HMMSCAN以及blastn比对,去除不含MYB结构域或者MYB结构域不完整的序列,以及冗余序列,通过Weblogo在线工具对R2和R3的保守基序进行分析,通过MEGA6分析了马缨杜鹃与拟南芥2R-MYB基因的进化关系。得到4条3R-MYB基因、81条2R-MYB基因、85条1R-MYB基因,保守基序分析发现马缨杜鹃MYB基因的R2和R3结构域具有典型的保守色氨酸残基和3个α螺旋结构,进化树分析将马缨杜鹃2R-MYB基因分为了29个亚组,基因复制分析发现有两对基因是复制关系。本研究获得的MYB基因序列和进化树分析,为马缨杜鹃甚至杜鹃属植物的MYB基因的功能研究提供了科学依据。