扬子鳄的线粒体全基因组与鳄类系统发生

摘要

通过酶切、克隆、测序,结合Long-PCR和Primer Walking法对扬子鳄线粒体DNA基因组进行全序列测定.结果表明,扬子鳄线粒体基因组DNA序列全长为16746 bp,其基因组碱基组成为29.43％A,24.59％T,14.86％G,31.12％C.与其他大多数脊椎动物相同,其基因组由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因及1个非编码的控制区(D-loop)组成.基因的排列与已测序的鳄类相似.在全序列分析的基础上,对12S rRNA基因序列、16S rRNA基因序列、蛋白质编码基因序列及其合并数据用MP法和ML法构建系统发生树,结果表明扬子鳄与密河鳄的亲缘关系较近,支持传统观点.根据ML树的支长数值估计钝吻鳄属发生的时间为74.9 MaBP,扬子鳄与密河鳄分歧的时间为50.9 MaBP.