启动子结构、功能预测和验证方法的研究进展

摘要

本综述总结了启动子结构、功能预测和验证的主要方法及其选用的研究进展。已知或克隆到靶基因的5'端上游序列后,应首先用生物信息学方法预测序列中的启动子,分析、预测其结构元件及其功能,再用实验方法验证元件的功能。生物信息学分析、预测是指单独或结合选用若干软件以及真核生物启动子、植物DNA顺式作用调控元件、植物顺式作用调控元件、Plant Prom、转录因子和转录调控区数据库;实验方法验证是指在综合考虑特定方法的原理、目标内涵和操作流程等多方面优劣势的基础上合理选用表达分析、染色质免疫共沉淀法、DNaseⅠ足迹法、电泳迁移率变动分析法和酵母单杂交法,但是,各方法均在运用中被不断改进,且目前使用最广泛的是表达分析法。启动子结构、功能预测和验证常选用两个或两个以上软件、数据库和方法,但可能会涉及到对不同数据库和方法产生的不一致或矛盾结果的甄别,将来应研发新的、更有效的研究DNA-蛋白互作的技术,与上述经典实验方法结合、用于启动子的功能研究。本综述可为启动子结构和功能的研究提供方法学参考。