中国野生拟南芥居群冷胁迫下的表达谱变异

摘要

利用Affymetrix的拟南芥全基因组ATH1芯片,以拟南芥Col生态型作为参照,分析了5个中国拟南芥野生居群在冷胁迫处理下转录水平的差异.在正常生长条件下,2.26%(513个基因,江西九江居群JXjjx)至6.52%(1482个基因,重庆铜梁居群CQtlx)的基因表达量超过对照Col生态型2倍以上.在冷胁迫下,12.84%(2920,陕西城固居群SXcgx)至19.46%(4426,新疆青河居群XJqhx)的基因表达水平相差两倍以上.总体来说,大部分上调基因可能对植物在低温下生存十分重要,如MAPKs,CBFs,COR基因以及提高冷耐受性小分子合成与积累的基因等.然而,每一个野生居群在冷胁迫下都有其特异诱导表达的基因.数据显示,一些冷胁迫响应基因在处于不同气候条件下的野生居群间发生了分化.CBF3是一个冷胁迫应答途径的关键转录因子,其基因在居群间存在显著的表达差异.序列分析表明,主要是在调控区的变化导致了表达模式的显著变化.进一步对不同居群间基因表达差异与冷耐受性的相关性研究,将为揭示中国野生拟南芥适应本地环境的分子机制提供证据。