红花檵木全基因组分析

摘要

红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于Illumina测序平台测定了红花檵木基因组,运用生物信息学的方法预测其基因组大小,分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC含量等基因组特征,并进一步用SOAP de novo软件进行了基因组的组装。研究表明:红花檵木基因组大小的校正值为2.87 Gb;红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点,重复序列比率为76.32%,杂合率为0.20%,GC含量为35.52%;利用SOAP de novo软件对49.42 Gb Clean data进行了组装,得到4 333 224条Scaffold,拼接序列总长度为1 504 451 854 bp,组装后得到的最长序列为26 254 bp,N50为528 bp,N90为133 bp,后续研究建议采用Illumina+PacBio RSⅡ测序技术相结合方式,辅以Hi-C技术及其相应的拼接组装软件,有望得较好的红花檵木全基因组图谱。