山蒟完整叶绿体基因组特征与胡椒属植物叶绿体基因组序列比较分析

摘要

山蒟是一种攀援藤本植物,入药,有行气止痛,祛风消肿之功效。本研究基于高通量测序技术运用生物信息学方法获得山蒟叶绿体基因组的序列、结构等特征,并利用叶绿体基因组完整序列分析山蒟的系统发育关系。山蒟的叶绿体基因组总长为161476 bp的双链环状结构,有典型的四区段结构;该基因组共注释得131个功能基因,包括36个t RNA、8个r RNA和87个蛋白质编码基因;仅有5个SSR位点;散在重复序列有两种类型,共计21个,包括20个正向重复和1个回文重复;总体上看该基因组的最优密码子使用频率偏低;胡椒属叶绿体基因组序列比较分析表明其序列总体比较保守,但基因间隔区的变异较多,在编码基因区域也存在易观察到的变异;最大似然法显示山蒟、风藤二者亲缘关系较近。本研究为山蒟乃至胡椒属植物的物种鉴定、遗传多样性、系统发育等研究提供重要数据基础。