多核平台PAML并行算法研究

摘要

PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用.然而,由于模型复杂、参数众多,PAML的计算过程非常耗时.对PAML中最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈.在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度.实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍.