产酸克雷伯菌核心基因组多位点序列分型方案

摘要

目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集群识别,以构建和验证产酸克雷伯菌的cgMLST方案。公开获得的21个完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的创建,386个不完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的验证。结果建立了一个针对3356个核心基因的cgMLST(简称3356-cgMLST)方案。提出的3356-cgMLST方案实现了针对98%以上(400/407)的产酸克雷伯菌分离株基因组序列的分型。根据提出的3356-cgMLST方案,最终纳入分型的400株产酸克雷伯菌基因组序列中共确定了130个CGs。基于3356-cgMLST方案获得的CGs分布情况可以看出产酸克雷伯菌呈现出明显的多国家多地区传播现象。结论本研究为产酸克雷伯菌提供一个公开的3356-cgMLST方案,并揭示产酸克雷伯菌基因组序列呈现高度的遗传多样性,CG26为优势克隆群。