高通量测序比较分析被咬犬伤口及其周边皮肤的菌群特征

摘要

为了解被咬犬伤口的菌群特征及其影响因素,本试验采集10只被咬犬的伤口样品和周边皮肤样品,应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析并比较两类样品的菌群结构。物种注释结果显示:巴氏杆菌、拟杆菌等厌氧菌的大量存在是咬伤伤口的特征;咬伤伤口和其周围皮肤的共同优势菌有葡萄球菌、克雷伯菌、奈瑟菌、莫拉菌、大肠埃希菌等。α多样性分析结果显示,咬伤伤口菌群的丰度和多样性较周边皮肤低;β多样性和组间群落结构差异显著性分析结果显示,咬伤伤口和周边皮肤的菌群组成大体相似,不同犬之间菌群组成存在很大个体差异。Candidatus_Saccharimonas、Conchiformibiu、[Eubacterium]_coprostanoligenes_group、Lachnospiraceae_NK4A136_group和乳杆菌属仅存在于周边皮肤样品中。综上,犬咬伤伤口菌群以厌氧菌为主,受伤口周边皮肤菌群和攻击犬口腔菌群影响。