一株NADC34-like猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组序列的分析

摘要

2017年,NADC34-like猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)自北美传入我国后,迄今未见该类病毒与我国本土HP-PRRSV发生重组的报道。为监测该类病毒在四川地区的流行变异情况,本研究从该地区某疑似感染PRRSV发病猪场采集肺脏样品,经ORF5基因分型RT-PCR检测并测序结果显示,该猪场为NADC34-like PRRSV感染。将阳性样品接种至猪肺泡巨噬细胞(PAMs)进行病毒分离,并通过RT-PCR扩增、测序及间接免疫荧光试验(IFA)鉴定结果显示,分离到一株NADC34-like PRRSV,并命名为SCcd2020株。经PCR分段扩增病毒全基因组,测序、拼接后的结果显示,病毒基因组全长15 020 bp。为进一步分析SCcd2020株的遗传演化特征,利用MegAlign分析SCcd2020株全基因组及ORF5基因序列与GenBank中12株PRRSV参考株相应基因的核苷酸及其编码氨基酸序列的相似性;采用MEGA X软件利用NJ法构建SCcd2020株的全基因组及ORF5基因的系统发育树;采用MegAlign分析SCcd2020株Nsp2氨基酸序列的缺失特征;分别利用RDP4、SimPlot软件对SCcd2020株进行重组分析。相似性分析结果显示,SCcd2020株与12株代表PRRSV ORF5基因序列及其编码氨基酸序列的相似性分别为84.4%~97.0%与84.6%~97.0%,其中与IA/2014/NADC34株相似性最高为97%;SCcd2020株与12株PRRSV代表株全基因组序列的相似性为79.8%~89.2%,其中与NADC30株相似性最高为89.2%;ORF5基因进化树结果显示,SCcd2020株与NADC34-like PRRSV聚为一大支;而全基因组进化树结果显示,SCcd2020株与NADC30-like PRRSV聚为一大支。Nsp2氨基酸序列分析结果显示,SCcd2020株该区域存在“111+1+19aa”缺失模式,而NADC34-like PRRSV为“100 aa”缺失模式;上述结果表明,SCcd2020株基因组可能发生了重组。重组分析结果结果显示,SCcd2020株是由NADC30-like PRRSV、HP-PRRSV以及NADC34-like PRRSV之间形成的重组病毒。综上所述,SCcd2020株为国内首次报道与我国本土HP-PRRSV发生复杂重组的NADC34-like PRRSV,表明我国PRRSV遗传多样性进一步增加,应高度重视。本研究结果有助于深入了解我国NADC34-like PRRSV的遗传演化特征,为科学防控该类病毒的感染提供参考依据与数据支持。