应用宏基因组学鉴定国内第一株鸭2型腺病毒

摘要

为分离鉴定广东某养鸭场疑似“肝坏死”病例的病原,本研究将采集的病料样品感染番鸭胚及番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病原分离,提取出现细胞病变培养物的核酸,采用宏基因组学方法,以随机引物反转录并合成双链DNA进行PCR扩增,扩增产物进行分子克隆和测序分析.结果显示:F6代分离的病毒滴度为log1050 TCIDSD/mL,能够导致9日龄～11日龄番鸭胚死亡及MDEF产生明显细胞病变.50个随机克隆经GenBank检索有28个为鸭2型腺病毒(DAdV-2)同源序列,核苷酸同源性为92 ％～99％.28个同源序列形成8个毗连序列群,共计15 107 bp,覆盖DAdV-2基因组全长的34.54％,分离株与GenBank中唯一的DAdV-2 GR分离株亲缘关系最近,其部分hexon基因编码的氨基酸同源性为83.3％.参照测定序列设计的引物能够特异性扩增病毒基因.本研究首次应用宏基因组学分离获得国内首株DAdV-2,也是迄今除了法国以外国内首次报道的DAdV-2分离株.