2021年浙江省部分地区猪圆环病毒2型及3型的遗传变异分析

摘要

为了解2021年中国浙江省各地区猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,本研究采用PCR技术对不同地区来源的702份病料样品检测。选取10个PCV2阳性样品进行全基因序列扩增和同源性及遗传演化分析。同时对已测序的26个PCV2 ORF2基因和24个PCV3 ORF2基因分别进行同源性分析,以及对Cap蛋白氨基酸序列进行比对分析。结果显示,病料样品中PCV2的总阳性率为32.8%(230/702),PCV3的总阳性率为15.0%(105/702)。其中PCV2在血清样品中的检出率最高,而PCV3在粪便样品中的检出率较高。PCV2和PCV3混合感染血清阳性率为6.1%(33/539),且仅在血清样品中有混合感染。测序筛选后共获得6个PCV2全基因序列,其中5个全基因序列为1767 bp,1个为1708 bp。PCV2全基因序列与24个国内外PCV2参考株全基因序列相比,同源性为94.1%~98.9%。通过全基因遗传进化树显示,6个PCV2全基因有5个PCV2d亚型和1个PCV2b亚型。ORF2基因序列的同源性结果显示,PCV2与PCV2疫苗株的同源性为90.2%~95.3%;PCV3与PCV3参考株的同源性为99.2%~99.4%,与PCV2疫苗株的同源性仅为32%,可能影响PCV2疫苗的保护效力。通过ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列比对结果显示,本研究中的PCV2 Cap蛋白氨基酸序列有20处变异,其中R^(59)K、K^(63)R、A^(68)N、R^(89)L、S^(90)T、S^(121)T、T^(134)N、S^(169)R、E^(210)D的变异揭示了该地区PCV2b亚型正逐渐向PCV2d亚型转变。上述结果表明,浙江省部分地区的PCV2d亚型已成为主要的流行基因型,且PCV3与PCV2疫苗株同源性较低。本研究结果丰富了浙江省PCV的分子流行病学资料,为相应疫病的防控提供一定的参考依据。