基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析

摘要

目的了解分化中晶状体的转录谱, 包括mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序, 并使用生物信息学工具进行分析, 筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA;用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况;分析晶状体特异性基因的表达趋势, 并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99 440 160和67 262 320条映射序列。基因重叠表达分析显示, 前1 000个高表达mRNA、前300个高表达lncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示, 晶状体蛋白（CRY）AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调, 缝隙连接（GJ）蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上, 且均高表达晶状体特异性蛋白基因, 如CRY、GJ蛋白基因等。（中华眼科杂志, 2020, 56:356-363）