基于二代测序用于瘦素缺陷T2DM ob/ob小鼠与C57BL/6小鼠的转录组差异分析

摘要

目的探讨瘦素缺陷T2DM ob/ob小鼠与C57BL/6小鼠胰腺组织差异性基因及相关的生物学功能。方法取8周雌雄性ob/ob小鼠和C57BL/6小鼠,饲养2周后取胰腺组织进行转录组测序。采用二代测序进行转录组测序。使用edgeR包分析两小鼠胰腺组织的差异基因,使用DAVID数据库进行差异基因生物学功能及信号通路分析;寻找hub基因,分析基因间相关性及两组表达量差异。结果取瘦素缺陷T2DM ob/ob小鼠和C57BL/6J小鼠的胰腺组织进行病理切片HE染色,观察ob/ob小鼠较正常小鼠胰岛增生、肥大,岛内β细胞核增多、密集,胞质减少,排列紊乱;胰腺组织提取的RNA进行转录组测序,经过滤、质控、比对后,ob/ob较C57BL/6J小鼠上调基因88个,下调基因94个,共182个;差异基因生物学功能和信号通路主要涉及翻译、rRNA加工、核糖体、细胞内核糖核蛋白复合物、胞质小核糖体亚基、粘着斑、细胞外泌体、核糖体的结构成分、RNA结合、mRNA结合和核糖体信号通路等;寻找hub基因,RPS12-ps3、Rps4x、Gm7536、Rpl7、Rpl38、Rps7、Rps15a、Rps3a1、Rpl17和Rps27a,除Rpl7与Rps27a呈负相关外,其余均成正相关,hub基因在ob/ob小鼠中均较C57BL/6J小鼠低表达,差异具有显著性(P<0.05)。结论ob/ob小鼠和C57BL/6J小鼠差异基因主要是核糖体蛋白基因,核糖体蛋白基因水平的降低可能影响rRNA加工中的关键蛋白的功能,从而可能导致T2DM的发生。