肝细胞癌相关DNA甲基化诊断生物标志物的筛选及验证

摘要

目的筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)相关的甲基化CpG诊断生物标志物。方法下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中HCC的DNA甲基化和表达数据进行生物信息学分析,获得候选CpG位点。采用焦磷酸测序及qRT-PCR检测50例早期HCC组织样本中候选CpG位点的甲基化率及其所在基因的表达量,并验证其诊断效能。在GSE54503、GSE89852和GSE56588数据集中评估候选CpG位点的诊断效能。结果生物信息学分析筛选出5个候选CpG位点(cg12614630、cg19786751、cg06131338、cg23371746和cg25340966),多变量联合诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.993。50例早期HCC组织中cg12614630(GPR182)、cg19786751(ACACB)和cg06131338(ACACB)的甲基化率高于癌旁组织以及对应基因的表达水平均低于癌旁组织,且位点甲基化水平与基因表达水平呈负相关(P<0.05)。ROC曲线分析显示,在早期HCC组织以及GSE54503、GSE89852和GSE56588数据集中,3个CpG位点联合诊断的AUC分别为0.903、0.812、0.844和0.934。结论cg12614630、cg19786751和cg06131338 CpG位点可能是HCC潜在的诊断生物标志物,联合检测这3个CpG位点具有良好的诊断效能。