云南省健康儿童中1株肠道病毒新毒株EV-C99的分离及其基因特征分析

摘要

目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒（enterovirus,EV）新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离,提取该病毒RNA并对其VP1区基因进行RT-PCR和基因测序,用Sequencher 5.0软件对序列进行编辑和拼接。所得序列在GenBank进行"BLAST"搜索,得到初步结果 ,再用MEGA5.2软件计算与原型株的核苷酸和氨基酸同源性,按目前肠道病毒测序定型标准确定病毒最终型别并进行基因特征分析。结果该病毒能被494/496和495/497引物扩增,经Sequencher 5.0软件拼接和编辑后得到约1 200 bp的序列,该序列在GenBank进行"BLAST"搜索,初步结果为新型肠道病毒EV-C99。与EV-C99病毒的原型株BAN00-10461（基因库编号:EF015008）对比分析后得到该病毒VP1区完整序列为909 bp,与原型株的核苷酸（nucleotide,nt）同源性（identity）为77.05%,氨基酸（amino acid,aa）同源性为90.04%,按肠道病毒测序定型标准,确定该病毒为EV-C99,是人类肠道病毒C组中的一种新型病毒。结论 2016年云南省健康儿童肠道病毒带毒调查中分离到一株肠道病毒新毒株EV-C99,是国内第3次报道该病毒。基因进化分析表明,云南分离株与新疆分离株、山东分离株都为B基因型,但3个省的分离株位于不同的进化分支,该病毒具有基因多样性特点。