基于集成学习的肿瘤药物敏感性预测研究

摘要

肿瘤药物敏感性预测对个性化精准用药具有重要意义.本文基于GDSC数据库通过Boosting集成学习构建了面向RNA-seq基因表达和癌症药物敏感性数据的预测模型.先将183种药物集分别做归一化处理和基因特征降维,接着用AdaBoost集成SVM的方法建模,并采用十折交叉验证.实验结果表明构建的预测模型具有较高的预测精度,13种药物的AUC大于0.95,108种大于0.9,174种大于0.8.对比验证实验中,AdaBoost+SVM相比单学习器模型在整体药物集的综合评价指标中约提高4％,与其他集成模型相比提高2％.同时本文探讨了药物特异性,通过特征选择和富集分析对药物作用通路进行验证,从生物学角度提供了模型可解释性,证明其应用于临床用药指导的价值.