基于TCGA数据库的EGFR突变型与野生型肺腺癌患者免疫微环境的差异性分析

摘要

背景与目的肺癌是一种具有高发病率与高死亡率的恶性肿瘤,腺癌是其中一个重要的组织亚型.表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor EGFR)突变是肺腺癌患者重要的驱动基因.EGFR-酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)对EGFR敏感突变的患者疗效显著.而免疫治疗作为新兴的治疗却不能使EGFR突变患者获益,其中的机制研究尚不明确,并集中于EGFR与程序性死亡受体-配体1(programmed cell death-ligand 1,PD-L1)表达之上,而我们推测与两类患者不同的免疫微环境有关.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库收集肺腺癌数据集,下载临床信息资料及基因表达谱资料.通过TIMER2.0计算TCGA数据库中免疫相关淋巴细胞浸润情况.并对EGFR突变型与野生型患者进行基因集富集分析.结果 临床特征分析显示EGFR突变更频繁发生于女性以及未吸烟患者中.免疫浸润分析显示EGFR突变患者通常具有更高的肿瘤相关成纤维细胞、普通髓系祖细胞、造血干细胞、效应CD4+T细胞、自然杀伤T细胞浸润;具有更低的记忆B细胞、初始B细胞、浆细胞、浆细胞样树突状细胞、记忆CD4+T细胞、CD4+辅助性T细胞2、CD8+T细胞、中心记忆CD8+T细胞、初始CD8+T细胞浸润.我们发现CD8+T细胞、自然杀伤T细胞、记忆B细胞和造血干细胞在肿瘤中浸润的程度越高则患者预后越好(Log-rank检验,P=0.017、0.009,3、0.018和0.016).同时CD4+辅助性T细胞2在肿瘤中浸润的程度越高则患者预后越差(Log-rank检验,P=0.016).基因集富集分析的结果显示,相比较EGFR野生型肺腺癌患者而言,EGFR突变患者的自然杀伤细胞介导的对肿瘤细胞的免疫应答的正调控、自然杀伤细胞激活参与免疫反应、在自然杀伤细胞介导的对肿瘤细胞的免疫应答这三条与自然杀伤细胞有关的通路上均处于下调状态,而参与免疫应答的细胞因子分泌的正调节这条通路为上调.结论 EGFR突变患者肿瘤微环境缺乏有效的杀伤肿瘤的效应细胞并出现了效应细胞功能失调.这可能是EGFR突变患者免疫治疗疗效差的潜在原因.