3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

摘要

目的明确3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性,揭示影响其密码子使用偏性的因素,为后续研究奠定基础。方法利用CodonW1.4.2、EMBOSS、SPSS19.0软件对木兰科木莲属植物粗梗木莲Manglietia crassipes Law、大果木莲Manglietia grandis Hu et Cheng、毛果木莲Manglietia ventii N.V.Tiep叶绿体基因组的密码子偏好性进行分析。结果3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC平均含量为30.23%~32.50%,有效密码子数(ENC)均大于35%,表明其密码子的偏性较弱。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,也有部分基因受突变压力的影响。利用相对同义密码子使用度(RSCU)筛选出GUU、GUA、UCA、CCA、GCA等43个最优密码子,其中有35个以A/U结尾。结论3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好使用A/U结尾,其密码子使用偏性主要受自然选择影响,可为基因表达和基因载体选择等研究提供依据。