差异表达基因筛选方法的比较

摘要

目的 比较基因芯片数据分析中常用的用于筛选差异表达基因的几种方法,探讨各方法的筛选效果.方法 使用Borferroni修正法等8种保守的方法以及两样本t检验、Wilcoxon非参数法、SAM共11种方法对模拟的芯片数据进行处理,以FDR(False discovery rate)和筛检的差异表达基因个数为指标考察其筛选效果.结果 SAM的FDR仅次于8种保守的方法,但筛检的差异表达基因个数较多,适合基因芯片初筛差异表达基因的目的.结论 SAM适合基因芯片初筛差异表达基因的目的.