应用DNA甲基化芯片对胃癌组织基因组甲基化的分析

摘要

目的应用DNA甲基化芯片检测胃癌组织基因组甲基化情况。方法采用甲基化DNA免疫沉淀方法（MeDIP）结合DNA甲基化芯片对6例胃癌及其癌旁组织进行甲基化情况分析,寻找启动子区域和CpG岛中胃癌组织与癌旁组织的甲基化差异基因,并通过Gene Ontology分析和Pathway分析了解这些甲基化差异基因的功能。结果在基因启动子区,存在于胃癌组织中的甲基化差异基因有113个（如SHP1、FGF8和CSF2RA等）,存在于癌旁组织中的甲基化差异基因有161个（如TNF、IGF2和BMP7等）。在CpG岛,存在于胃癌组织中的甲基化差异基因有123个（如WNT2B、JAK2和TPT1等）,存在于癌旁组织中的甲基化差异基因有139个（如TNFRSF4、HOXC8和NFYA等）。这些基因位于不同的染色体上,胃癌组织中以1号和4号染色体最多（11个）,18号和20号染色体最少（1个）;癌旁组织中以11号染色体最多（17个）,而Y染色体未见甲基化差异基因。这些基因涉及的功能包括蛋白磷酸化、调节细胞分解代谢、离子转运、酶活性调节、转录调控、细胞分裂、细胞周期调节和信号转导等。结论胃癌组织与癌旁组织存在许多甲基化差异基因,这些甲基化差异基因位于不同染色体上,其个数和分布差异很大,与多条肿瘤相关通路有关。