SNaPshot技术检测乙型肝炎病毒基因组P基因区单核苷酸多态性的研究

摘要

目的建立SNaPshot技术对乙型肝炎病毒(HBV)基因组P基因区单核苷酸多态性(SNP)的分析.方法针对HBV YMDD变异位置的上、下游设计引物,用PCR方法进行DNA扩增,产物直接测序或克隆测序.再针对变异位点741A-G变异型(YVDD)和743G-T变异型(YIDD)的紧邻上游设计高度特异的SNaPshot检测引物,用不同荧光标记的ddNTP对PCR产物进行一步延伸,然后置于310型DNA测序仪上观察荧光信号,可直观的检测上述两位点的单核苷酸多态性.结果在拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者中,经测序证实P基因区不仅存在741、743位点的变异,还存在514C-A、523C-A、562T-A、667C-A等位点的变异.对已证实P基因区变异的13例患者血清用SNaPshot技术检测YMDD结果与测序结果完全相同,显示SNaPshot技术高度的特异性.结论SNaPshot技术检测HBV基因组SNPs具有快速、简便、准确特异的特点,还检测到野生株和变异株的混合存在.