基于离散型地理信息的H7N9流感病毒动态时空传播模式

摘要

目的基于离散型的地理信息构建了H7N9病毒时空动态传播模式图,探索H7N9病毒的空间传播路径。方法选取全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）中中国以人类为宿主的H7N9流感病毒血凝素（HA）和神经酰胺酶（NA）基因序列,利用BioEdit 7.0软件进行多序列比对。在贝叶斯理论框架下,运用BEAST 1.8.2软件构建H7N9时空传播模型,采用symmetric substitution model和贝叶斯随机搜索变量选择（BBSVS）方法,对H7N9的历史传播轨迹进行推断和检验。以Google Earth软件展现H7N9病毒的时空传播动态图。结果感染人类的H7N9病毒起源于上海或杭州,最早可追溯到2012年10月。并在2013年3、4月份开始传向邻近省份,同年8、9月份传播加剧,3个月内传向10余处地区。结论基于基因核苷酸序列和空间地理信息,追踪了H7N9病毒历史传播轨迹,为早期流感疫情的防控及病毒的溯源提供线索。