两株猪HEV病毒株全基因组序列分析

摘要

目的 测定两株从新疆地区分离的猪戊型肝炎(hepatitis E,HEV)病毒株全基因组序列,并在全基因组水平上分析猪HEV病毒株与人源HEV的关系.方法 设计HEV基因4型通用PCR引物,用巢式反转录聚合酶链反应法(reverse-transcription-nested polymerase chain reaction,RT-nPCR)分段扩增猪HEV病毒株CHN-XJ-SW13和CHN-XJ-SW33的全基因组序列；用cDNA末端快速扩增法(rapid amplification of cDNA,RACE)扩增其末端序列；对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析.结果 除3＇polyA尾外,CHN-XJ-SW13和CHN-XJ-SW33基因组全长分别为7241 bp和7238 bp,两病毒株均与基因4型 HEV核苷酸同源性最高,为82.8％～95.5％；与基因1～3型HEV核苷酸同源型仅为72.1％～74.9％.CHN-XJ-SW13与分离自湖南、上海的猪HEV病毒株(HC 10-44,HC1-88,estw2,ch-shsw1和SWXJ03)共同组成新的HEV基因亚型:4n亚型,且该病毒株与香港人HEV(HK 104-2004)在ORF1部分核苷酸序列同源性高达94.6％.基因进化分析显示CHN-XJ-SW33属于HEV 4a亚型,在全基因组水平上与JKO-ChiSai98C核昔酸同源性高达95.5％.结论 本文研究成功完成了两株猪HEV病毒株全基因组序列的鉴定,其中CHN-XJ-SW13为我国本土的HEV新基因亚型；在全基因组水平上猪HEV与人HEV高度同源的特性为基因4型HEV从猪到人传播的可能提供了更可靠的证据.