不同粪便DNA提取方法比较分析

摘要

肠道微生物群落结构和多样性与人体疾病密切相关。然而，相关群落结构分析结果可能受到DNA提取质量等实验因素影响。因此，评估不同DNA提取方法对肠道特定种属的提取效果，对于全面、准确获取人体肠道微生物谱，深入探究肠道微生物群落结构具有指导意义。本研究旨在借助实时荧光定量PCR （real-time quantitative polymerase chain reaction, RT qPCR）技术，以DNA提取纯度、浓度，以及对肠道中特定种属微生物基因组DNA的提取丰度为指标，对5种DNA提取方法进行比较分析。结果表明，试剂盒Q的提取效果最佳，特别是对乳杆菌属和双歧杆菌属等革兰氏阳性菌的提取效果较好。N试剂盒的平均DNA提取浓度较Q试剂盒低，但在纯度方面，二者无显著性差异。与其他3种商用试剂盒（M、PSP、TG）相比，N方法对肠道内指定微生物基因组的提取效果仅次于Q试剂盒，位居第二。相比之下，M试剂盒提取所得DNA，质量较高，但浓度偏低，对于肠道内革兰氏阳性菌的提取效果不很理想。TG试剂盒和PSP试剂盒提取所得DNA在浓度、质量以及细菌丰度方面均不及其他验证的试剂盒。综上，Q试剂盒可作为肠道微生态研究相关实验中获取高质量基因组DNA的提取方法。本研究结果为肠道微生态研究相关实验中基因组DNA提取方法的选择提供参考依据。