敏捷气热菌起始密码子侧翼序列与密码子偏好及基因长度相关性研究

摘要

好氧超嗜热古菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)mRNA中起始密码子AUG侧翼序列的保守性以及它与密码子使用偏好及基因长度之间具有相关性.AUG侧翼序列的保守性由M1(1)值表示,AUG侧翼序列对翻译起始的有效性由AUGCAI值表示.研究表明:高表达和低表达基因的-20位到+13位中某些位点的保守性存在差异,其中高表达基因的-4位和-3位可能与其高表达的特性有关;在A.pernix中一个普遍的趋势是:较短的基因有较高的表达效率,较长的基因的表达效率较低.与仅使用密码子偏好相比,将AUGCAI值引入到研究古菌在翻译水平上的自然选择更准确、更具有广泛适应性.