打分矩阵方法在β-发夹模体识别中的应用

摘要

用打分矩阵的五种算法,从蛋白质的氨基酸序列出发,以氨基酸为参数,分别对3088个同源性小于40%的蛋白质和2878个同源性小于33%的蛋白质的β-发央模体片断进行了识别.利用self-consistency和10-fold cross-validation两种方法对五种算法进行检验,结果表明,Chverie(1996)算法相对较好,对3088个蛋白质的平均识别精度达到了77.7%和76.1%.