DNA保守序列识别算法的并行化和MPI集群环境构建

摘要

DNA序列中保守序列的识别需要较大的计算量.开发了一个转录因子结合位点识别的并行算法,能够从多条DNA序列中识别指定长度的序列模式.算法使用概率模型进行序列模式保守性的度量,利用迭代过程实现保守序列的搜索.使用C编程结合MPI消息传递模型开发了相应的程序,并在Windows平台下构建了一个3节点的集群环境,利用20个长度均为200的序列数据集进行测试,实现了模体识别工作,结果表明并行算法使模体识别的效率得到提高.