基于动态规则的跨膜蛋白疏水图比对研究

摘要

提出了基于动态规划的跨膜蛋白疏水图比对方法.它可反映跨膜蛋白在结构上的相似性,根据比对结果所得到的疏水图之间的距离参数可有效度量其结构相似程度.结果表明,在跨膜蛋白的氨基酸序列差异较大的情况下,通过疏水图比对所得到的距离参数比氨基酸序列比对所得到的同一性或相似性参数更能反映跨膜蛋白的同源性.且同源蛋白在跨膜区疏水图相似性高,而在非跨膜区,疏水图相似性较低,说明跨膜区结构在进化过程中较非跨膜区结构更为保守.