基于TCGA数据库探讨自噬相关基因RGS19在肝细胞癌中的表达及预后

摘要

目的 探讨自噬相关基因RGS19在人类肝癌中的表达及其与临床病理特征和预后的关系.方法 通过人类自噬数据库(HADb)、癌症基因组图谱(TCGA)、Oncomine等数据库分析自噬相关基因在肝癌组织和癌旁正常组织中表达水平的差异,最终筛选出RGS19作为靶基因.采用Wilcoxon秩和检验分析RGS19表达与肝癌临床病理特征的关系,生存分析采用Kaplan?Meier法,预后的单因素分析采用Log?rank检验,多因素分析采用Cox比例风险回归模型.通过STRING在线数据库构建RGS19蛋白相互作用网络,GSEA预测RGS19富集的生物学通路.结果 对TCGA数据进行生物信息学分析显示,RGS19在肝癌组织中高表达(P<0.001),并在Oncomine数据库中得到验证.根据RGS19表达水平的中位值(3.41),将患者分为高表达和低表达两组,不同临床病理参数的RGS19表达水平进行比较,结果显示RGS19高表达与患者的年龄、肿瘤分级、临床分期和浸润深度有关(P<0.05).RGS19高表达组的中位生存期(OS)为3.80年,明显短于低表达组的6.94年(P<0.05);Cox多因素回归分析显示,RGS19表达水平和临床分期是影响肝癌预后的独立因素(P<0.05).蛋白相互作用网络预测了可能与RGS19相互作用的蛋白;GSEA分析表明RGS19主要富集在血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、T细胞受体(TCR)信号通路、B细胞受体(BCR)信号通路、NOD样受体信号通路、丝裂原蛋白活化激酶(MAPK)信号通路和WNT信号通路中.结论 RGS19是肝癌潜在的诊断和预后分子标志物,有望成为肝癌新的治疗靶点.