一种用于分析万亿次计算规模的分子动态轨道的可扩展并行框架

摘要

并行计算和并行体系结构使得最长的分子动态（MD）模拟趋于毫秒量级，传统的顺序的模拟数据分析方法日益难以支持。受到Google的MapReduce编程的启发，我们构造了一种新的并行分析框架叫作HiMach，它使得用户可以编写顺序执行的轨迹分析程序，然后自动地并行执行。我们介绍了（1）一种新的适合并行处理的MD轨迹数据分析模型；（2）一种新的用于定义需要分析的轨迹的界面；