肠膜明串珠菌及其近缘种dnaA和rpoB基因的系统发育分析

摘要

比较16S rRNA基因、dnaA、rpoB部分基因序列对Leuconostoc mesenteroides(Leu.mesenteroides)及其近缘种的分辨力,为肠膜明串珠菌提供快速准确的鉴定方法.以分离自自然发酵乳制品中的8株Leu.mesenteroides为研究对象,以其看家基因dnaA、rpoB部分基因序列作为分子标记,结合GeneBank数据库中的近缘种及亚种的相应序列构建系统发育树,并与16S rRNA基因的系统发育树进行比较.研究发现,基于Leu.mesenteroides及其近缘种的dnaA和rpoB部分基因序列构建的系统发育树的拓扑结构与16S rRNA基因基本一致,但分辨率高于16S rRNA基因;种间的dnaA和rpoB部分基因序列相似性分别为81.7～84.8％和85.5、87.4％,而种间16S rRNA基因相似性为98.1％ ～99.5％.相较于16S rRNA基因,dnaA和rpoB基因更容易鉴定肠膜明串珠菌及其近缘种,其中rpoB可明晰区分试验菌株与肠膜明串珠菌亚种间的系统发育关系,因此rpoB基因可作为16S rRNA基因的辅助工具用于Leu.mesenteroides及其近缘种的快速鉴定.