应用深度测序技术鉴定平菇球形病毒

摘要

旨在鉴定采集于北京顺义的畸形平菇样品中的病毒,提取总RNA,构建小RNA库,对小RNA库进行深度测序.测序结果表明,与平菇球形病毒(Oyster mushroom isometric virus,OMSV)基因组序列(NC_004560.1)匹配的小RNA共有3 075条,分布在OMSV基因组的不同位置,形成一些热点区域.经拼接,获得了3条长度大于500个核苷酸的序列.根据其中覆盖OMSV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因的序列(seq22)中相对保守区域,设计引物,利用RT-PCR扩增获得cp基因部分序列.序列比对表明,其与OMSV相应区域序列相似度为91％,证实了OMSV在畸形平菇样品中的侵染.同时,将深度测序结果与现有4种siRNA预测软件的预测结果进行比较,发现测序结果与软件预测结果之间存在差异,讨论了这一差异出现的原因.