无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术

摘要

目的 介绍一种无创性免核酸提取的样品前处理方法 ,结合高通量基因分型技术,为大规模流行病学监测及遗传学分析提供新的技术手段.方法无需核酸提取,直接裂解唾液或口腔拭子样品,加入带有通用尾部序列的多个寡核苷酸特异探针,通过夹心杂交将样品中的靶DNA捕获到96孔板中,利用基于延伸连接的多重探针扩增(MELPA)技术及核酸飞行质谱(MassARRAY)实现多重单碱基突变(SNP)检测.以具有抗疟药物(伯氨喹)诱导溶血风险的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)的23个SNP突变检测作为应用对象,测试唾液样品的反应条件.通过与商业化SNP测定的基于核酸飞行质谱的多重SNP分型技术(iPLEX)进行比较,评估该方法的准确性,重复性和可靠性.结果 本方法可成功的对G6PD的23个SNP进行分型,40μL唾液或1个口腔拭子样本足够进行2个检测.36 h内(手工操作时间约2 h)可完成384个样品检测分析.其检测结果与测序结果一致,重复性较好,可靠性高,准确度优于传统的以血液为样品的iPLEX方法.结论 建立了适用于高通量的无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术,为大规模基因分型筛查提供了一个高效、准确的方法.