基于支持向量机(SVMs)的人类核心启动子的识别

摘要

本文采用基于支持向量机(SVMs)的方法预测了4类含有核心启动子元件的启动子和含有CCAAT-box的启动子.4类核心启动子元件分别是DPE,BRE,TATA-box和Inr.特征提取采用基于位点权重矩阵(PWMs)的程序Promoter Classfifer进行.本文预测结果的敏感度,确定度,以及相关系数均高于三种启动子预测方法(Promoterlnspector(PI),Promoter 2.0 Prediction(PP)和Neural Network Promoter Prediction(NNPP),使敏感度和确定度同时高于0.84,其中TATA-box预测结果可使敏感度和确定度同时高于0.95.