基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

摘要

基于unix/linux操作系统和mysql数据库,利用phred/phrap, stackpack, blast软件,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析.它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化,去除载体污染和重复序列,序列聚类,拼接,分析可变剪切,数据库搜索进行相似性分析.该系统可以加速大规模EST测序的分析速度.