一种基于代谢路径构建系统发生树的有效方法

摘要

构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次将不同代谢路径的相似度定义为图的核部分与非核部分各自匹配程度的加权之和,利用距离矩阵构建物种间的系统发生树.通过大量试验数据和NCBI(National Center for Biotechnology Information)分类法进行比较,验证了本文方法的有效性.