计算机辅助筛选酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL模拟表位

摘要

运用多项式方案、量化基序方案等经典的CTL表位筛选方案,初步筛选了酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL表位TRP-2180～188(SVYDFFVWL)的模拟表位,以通过表位改造提高其与HLA-A2.1分子结合的能力,从而提高其免疫原性.根据打分结果,合成了4个得分较高的九肽序列,亲和力实验结果表明所筛选的4个序列较原序列均有较高的亲和力,但对2位的单突变结果较1和2位双突变结果理想,进一步运用分子模拟方法对4个序列与HLA-A2.1分子间的相互作用进行了分子模拟分析,分子模拟结果较好地解释了上述实验现象,从而为进一步的结构改造提供了理论依据.本研究提供了一个合理高效的模拟表位筛选方法.