基于小RNA技术的天津地区番茄花叶病毒分子检测与基因组部分序列分析

摘要

为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析.结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒.进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析.进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近.相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53％.MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21％.126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72％.对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0％及以上.初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市.