小麦2B染色体新SSR标记开发

摘要

为开发用于小麦育种的新SSR分子标记,利用普通小麦中国春2B染色体25 Mb的DNA序列进行了SSR筛选,在检测到的2852个SSR中80.40％是二核苷酸重复.二、三、四、五核苷酸重复序列分别有6,30,17,1种类型.二核苷酸中GA/CT、AG/TC、AT/TA数量最多,分别占SSR总数的20.44％,19.00％,17.15％;三核苷酸中CTT/GAA的数量最多,占SSR总数的2.56％;四、五核苷酸重复出现的频率都较低.进一步分析SSR的重复次数,发现二核苷酸重复次数总体较高,重复次数≥10的SSR数量有327个,占所有二核苷酸序列的14.26％,其中,AG/TC、AT/TA的重复次数≥10的SSR数量分别有98,97个.三核苷酸的重复次数总体偏低,重复次数≥8的SSR数量仅有62个,占所有三核苷酸序列的11.55％,其中TTC/AAG的重复次数≥8的SSR数量最多,有12个.四核苷酸中只有ACAT/TGTA、TAGA/ATCT的重复次数分别达到了16,14次,其他重复基元的重复次数主要为5～7次.根据筛选到的SSR位点共设计合成了135对SSR引物,发现有101对(74.81％)引物在小麦品系Cf5019-21和Cf5240-41扩增出清晰的DNA条带,17对引物在二者间表现出差异扩增.